我国《反垄断法》的适用除外制度有以下法律规定：

第七条：国有经济占控制地位的关系国民经济命脉和国家安全的行业以及依法实行专营专卖的行业，国家对其经营者的合法经营活动予以保护，并对经营者的经营行为及其商品和服务的价格依法实施监管和调控，维护消费者利益，促进技术进步。

第五十五条：经营者依照有关知识产权的法律、行政法规规定行使知识产权的行为，不适用本法；但是，经营者滥用知识产权，排除、限制竞争的行为，适用本法。

第五十六条：农业生产者及农村经济组织在农产品生产、加工、销售、运输、储存等经营活动中实施的联合或者协同行为，不适用本法。

除此之外，在具体的垄断行为中如垄断协议、经营者集中等也有适用除外的相关规定，如《反垄断法》的十五条规定了七项内容作为垄断协议适用除外的条件。

我国《反垄断法》适用除外制度主要集中体现于知识产权、农产品以及特定行业等方面：

为了鼓励科技创新，促进社会科学技术以及国家经济水平的发展，我国依法对知识产权予以保护，因此知识产权也就具有了合法的垄断性质，是合法的垄断权，但这种垄断性应当受到必要的规制，经营者不得滥用知识产权，实施排除、限制竞争的行为，这体现了立法者对于维护竞争和鼓励创新的两大价值取向的权衡，但我国《反垄断法》并没有对滥用知识产权的含义进行解释，由此产生了一个核心问题，即如何判断知识产权的滥用。通常情况下，知识产权滥用的情形有不正当维护独占行为、滥用知识产权限制竞争行为以及知识产权滥用加剧市场力量集中等。

对于滥用知识产权行为的判断，纵观国外的立法，其形式各有不同，有些国家采取确立判断原则的方式来对知识产权滥用的行为予以判断，如权利耗尽原则、同源原则等，也有些国家采取在实施条例或执法指南中作出具体规定的方式对其进行界定，我国可借鉴国外的立法，通过运用在法理中对知识产权的限制，如禁止权利滥用、权利用尽、著作权合理使用、专利强制实施许可等原则，来对滥用知识产权的行为进行规制。

除此之外，知识产权的反垄断法适用除外还存在着执法程序与相应的司法程序的衔接（当然这一问题存在于其他垄断行为的规制中）等等问题。

总体而言，对于知识产权的反垄断法适用除外产生的问题，我们可以通过在反垄断法体系中制定对知识产权滥用的规制标准、对知识产权在行使过程中差别待遇、搭售、转售价格维持、权利回授等典型的反竞争行为进行规制来解决现有的矛盾。

这是由农业生产的本质特性决定的，由于我国农业仍较为落后，农业基础比较薄弱，在市场交易过程中个体农业生产者与控制农产品收购的团体进行交易往往处于弱势地位，故而法律应当对农业进行扶持，对个体农业生产者进行保护以维护其合法权益并促进农业发展，同时由于农业生产面临的风险较大，联合或者协同行为有助于化解农业生产面临的风险，因此农业生产者及农村经济组织实施的联合或者协同行为不应当受到《反垄断法》的规制。除此之外，由于农业的性质决定农业经济组织具有一定的分散性，因此农业经济组织难以成长成为一个垄断组织以阻碍竞争，破坏市场竞争秩序，阻碍经济发展，在这种情况下，《反垄断法》没有必要对这些联合或者协同行为进行规制。

由于这些行业控制国家经济命脉，对我国经济具有举足轻重的影响，故不受《反垄断法》的规制也合情合理。但这里存在的一个问题是对自然行业豁免的豁免过于宽泛，在执法司法时难以对其进行具体界定，故应当严格限定其范围，通过在在自然垄断行业引入一定的竞争机制的方式，促使原有的国有企业更具竞争力，发挥其应有的活力。与此同时，对于《反垄断法》第七条条文内容，也有部分观点认为，该两个方面的行业不应属于反垄断法适用除外，只是强调在该两个行业的管理活动中应适用较为特殊的政策，应尽可能地在部门管制与反垄断规制重新寻找到法律规制的平衡点。