土地增值税作为我国税收收入的重要组成部分，随着房地产开发热潮的兴起，以土地投资入股合作开发的模式也越来越常见，但土地成本在土地增值税清算时常常产生税企争议和冲突。

　　2016年全面“营改增”后，土地增值税作为地税机关一个重要税收来源显得越来越重要，部分房地产投资较大的地区对其依赖也越来越深。

　　一、基本情况

　　甲公司(投资方)2004年以评估的国有土地使用权(以下简称“土地”)公允价值对乙公司(被投资方，房地产开发企业)进行股权投资，于当年办理好产权转让手续。乙公司在取得投资入股的土地后，于2007年在土地上进行房地产项目开发，2015年税务机关对其所开发的房地产项目进行土地增值税清算。

　　二、争议分析

　　在土地增值税清算过程中，税企双方对乙公司取得的入股作价土地成本计价产生两种不同观点。

　　观点一认为乙公司土地应以投资入股前甲公司的地价款和缴纳的有关费用作为计价成本。理由如下：

　　（一）乙公司取得入股作价土地时，当时根据(财税字[1995]48号)第一条“对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税”的规定，暂免征收土地增值税，土地增值收益部分国家未参与分配，现在公司将土地开发房地产项目后转让，应对土地增值收益中国家未参与分配部分征收土地增值税。

　　（二）借鉴(财税[2006]21号)第五条“对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)第一条暂免征收土地增值税的规定”的规定，乙公司在土地上开发房地产项目后再转让并申报缴纳土地增值税时，应以投资入股前甲公司的地价款和缴纳的有关费用作为乙公司“取得土地使用权所支付的金额”扣除。

　　观点二认为乙公司土地应以投资入股时的评估入股价格和乙公司办理产权转让时缴纳的有关费用作为计价成本。主要理由如下：

　　（一）乙公司在进行土地产权过户时已按土地投资入股时的评估入股价格缴纳了契税，乙公司的土地入股成本有税务机关的认可。

　　（二）乙公司在取得甲公司投资入股土地时，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应当依照本条例缴纳土地增值税”的规定，土地投资入股时土地增值税的纳税义务人为甲公司，甲公司根据当时在生效期的(财税字[1995]48号)第一条的规定，暂免征收土地增值税。甲公司和乙公司作为两个独立的法人，不能因甲公司在投资时根据当时生效的规定暂免征收土地增值税，在转让开发后就把暂免征的土地增值税转嫁到乙公司，从而否定甲公司和乙公司作为两个独立法人依法承担自身纳税义务的责任。因此，如果确需要追缴相关税费，税务机关也只能向甲公司追缴。

　　（三）借鉴个人转让住房时土地增值税的相关政策，根据(财税[2008]137号)第三条“对个人销售住房暂免征收土地增值税”的规定，个人在此规定的有效期内销售住房暂免征收土地增值税，如果此后规定中的“个人销售住房暂免征收土地增值税”条款失效，个人再次转让住房时，税务机关是否还需要按第一次暂免征土地增值税前的房产原值作为成本扣除来计算征收土地增值税。此时不管从实际实施的角度还是从信赖保护原则及实体法律法规从旧的原则出发，都不应再按第一次暂免征土地增值税前的房产原值作为成本扣除来计算征收土地增值税，而应按再次转让前取得的房产成本来计算征收土地增值税。

　　（四）虽然(财税[2006]21号)第五条对(财税字[1995]48号)第一条进行补充修改。但根据(财税[2006]21号)第六条“本文自2006年3月2日起执行”的规定，没有要求对(财税字[1995]48号)第一条已实际发生的业务进行纳税追溯调整。

　　（五）根据企业会计准则和资产负债及权益的对等关系，乙公司通过公平合理的方式取得甲公司的土地，以土地评估的公允价值支付了对等的股权对价，并按企业会计准则的有关规定进行合理的会计处理，税务机关如果不认可企业会计准则规定的会计计价成本，必须有明确的法律法规的规定才能对会计计价成本进行调整，但在转让土地当时没有明确的相关依据对会计计价成本进行调整计税。

　　（六）根据“法不溯及既往”和“信赖保护”等原则的内涵，甲公司和乙公司在(财税字[1995]48号)第一条有效期内，双方在遵从税法规定且知道纳税结果的前提下，为了合理的商业目的对土地进行合法处分的经济决策，国家和税务机关应对其信赖相关法律法规作出的经济决策进行保护，这样才能更好的维护税法的稳定性和可预测性，税收的调节作用才能更有效，否则也会违背税收法律主义和税收合作信赖主义原则，对纳税人也是不公平的。

　　三、结语

　　笔者认为，第二种观点有利于提高纳税人对国家政策的信赖，也有利于新旧行政法规和规章制度的平稳衔接，同意第二种观点。